Vsebina
Raziskovalci se pogosto spopadajo z velikimi računskimi izzivi, na primer pri analizi velikih podatkov, fizikalnih simulacijah, računski kemiji, računski biologiji, napovedovanju vremena, simulacijah dinamike tekočin. Za reševanje mnogih problemov je pogosto na voljo ustrezna programska oprema, ki jo je potrebno ustrezno prilagoditi za izvajanjem na izbranem superračunalniku.
Pogledali si bomo nekaj tipičnih načinov uporabe lupine Bash za avtomatizirano zagnjanje poslov in porazdelitev dela med strojne vire. Na primeru enostavnih programov v jeziku python bomo spoznali, kako učinkovito porazdeliti delo med procesorska jedra, grafične pospeševalnike in različna vozlišča. Spoznali se bomo z različnimi načini nalaganja programske opreme: v domačo mapo, preko okoljskih modulov in vsebnikov.
Danes je na voljo veliko programskih orodij v obliki vsebnikov (lahke virtualizacije). Spoznali se bomo s konecptom virtualnih strojev ter vsebnikov in razlikami med zasnovo vsebnikov Docker in Singularity. Naučili se bomo uporabiti že pripravljene vsebnike Docker in Singularity. Na praktičnih primerih bomo spoznali, kako zgraditi enostaven vsebnik Singularity in ga zagnati v okolju HPC. V nadaljevanju si bomo ogledali, kako v vsebnik vključiti podporo za grafične pospeševalnike in procesiranje na več vozliščih preko omrežja Infiniband.
Delavnica bo praktično usmerjena, vaje bomo izvajali na modernem HPC sistemu.
Potek delavnice
Delavnica bo verjetno potekala preko sistema Zoom. Izvedli jo bomo v treh popoldnevih. V prvem terminu se bomo spoznali z vmesno programsko opremo Slurm in okoljskimi moduli, v drugem in tretjem terminu pa se bomo ukvrajali z vsebniki: uporabljali obstoječe, zgradili svoje i njih nadgradili za učinkovito delo na superračunalniku. Povezavo na sistem Zoom bomo prijavljenim sporočili naknadno.
Udeleženci
Delavnica je namenjena raziskovalcem, inženirjem, študentom in drugim, ki ste spoznali, da potrebujete več računskih virov, kot vam jih ponujajo običajni računalniki.
Število prijav je omejeno na 30.
Zaželena predznanja
- opravljena delavnica Osnove superračunalništva,
- razumevanje zgradbe računalniške gruče,
- delo preko odjemalca SSH (ukazna vrstica, prenašanje datotek),
- osnovno poznavanje vmesne programske opreme Slurm,
- osnovno znanje operacijskega sistema Linux in lupine Bash,
- osnovno poznavanje programskega jezika Python.
Pridobljena znanja
Po končanem tečaju boste:
- poznali vmesno programsko opremo Slurm,
- razumeli okoljske module in vsebnike,
- znali uporabiti obstoječe vsebnike Docker in Singularity,
- znali zgraditi svoje vsebnike Singularity za izvajanje izbranih programov v HPC okolju,
- znali pripraviti kompleksne izvajalne skripte za okoljske module in vsebnike,
- znali zahtevati in uporabiti različne računske vire v okoljskih modulih in vsebnikih (vozlišča, procesorska jedra, grafični pospeševalniki).
