Delavnica: Superračunalništvo malo bolj zares

Opis: Raziskovalci se pogosto spopadajo z velikimi računskimi izzivi, na primer pri analizi velikih podatkov, fizikalnih simulacijah, računski kemiji, računski biologiji, napovedovanju vremena, simulacijah dinamike tekočin ipd. Za reševanje mnogih problemov je pogosto na voljo ustrezna programska oprema, ki pa jo je potrebno prilagoditi za izvajanjem na izbranem superračunalniku.

Na delavnici si bomo pogledali nekaj tipičnih načinov uporabe lupine Bash za avtomatizirano zaganjanje poslov in porazdelitev dela med strojne vire. Na primeru enostavnih programov v jeziku Python bomo spoznali, kako učinkovito porazdeliti delo med procesorska jedra, grafične pospeševalnike na različnih vozliščih. Spoznali se bomo z več načini nalaganja programske opreme: v domačo mapo, preko okoljskih modulov in vsebnikov.

Danes je na voljo veliko programskih orodij v obliki vsebnikov (lahke virtualizacije). Spoznali se bomo s konceptom virtualnih strojev in vsebnikov ter osvetlili razlike med zasnovo vsebnikov Docker in Apptainer. Naučili se bomo uporabiti že pripravljene vsebnike in na praktičnih primerih spoznali, kako zgraditi enostaven vsebnik Apptainer ter ga zagnati v superračunalniškem okolju. V nadaljevanju si bomo ogledali, kako v vsebnik vključiti podporo za grafične pospeševalnike in procesiranje na več vozliščih preko omrežja Infiniband.

Delavnica bo praktično usmerjena, vaje bomo izvajali na modernem sistemu HPC.

Na delavnici pridobljena znanja:

• poznavanje vmesne programske opreme Slurm,
• razumevanje okoljskih modulov in vsebnikov,
• uporaba obstoječih vsebnikov Docker in Apptainer,
• gradnja lastnih vsebnikov Apptainer za izvajanje izbranih programov na superračunalniški gruči,
• pripravljanje kompleksnih izvajalnih skript za okoljske module in vsebnike,
• raba različnih računskih virov v okoljskih modulih in vsebnikih (procesorska jedra, grafični pospeševalniki, vozlišča).

Zahtevnost: napredna

• Priporočeno predhodno znanje: 
  • opravljena delavnica Osnove superračunalništva,
  • razumevanje zgradbe računalniške gruče,
  • delo preko odjemalca SSH (ukazna vrstica, prenašanje datotek),
  • osnovno poznavanje vmesne programske opreme Slurm,
  • osnovno znanje operacijskega sistema Linux in lupine Bash,
  • osnovno poznavanje programskega jezika Python.

Jezik: slovenski

Maksimalno število udeležencev: 15

Trajanje: 6. 9. 2023 in 7. 9. 2023, od 9h do 14h

Lokacija: Fakulteta za računalništvo in informatiko, Večna pot 113, Ljubljana

Organizator/ Organizer

Predavatelji